Ban đầu Harari chuyên về lịch sử thời trung cổ và lịch sử quân sự trong các nghiên cứu của ông từ năm 1993 đến năm 1998 tại Đại học Hebrew của Jerusalem. Ông hoàn thành bằng tiến sĩ tại trường Jesus College, Oxford, vào năm 2002, dưới sự giám sát của Steven J. Gunn. Từ 2003 đến 2005, ông theo đuổi các nghiên cứu sau tiến sĩ trong lịch sử với tư cách là thành viên Yad Hanadiv.[22]

Ông đã xuất bản nhiều sách và các bài báo, bao gồm Special Operations in the Age of Chivalry, 1100–1550;[23] The Ultimate Experience: Battlefield Revelations and the Making of Modern War Culture, 1450–2000;[24] Khái niệm 'Trận chiến quyết định' trong Lịch sử thế giới;[25] và Armchairs, Coffee and Authority: Eye-witnesses and Flesh-witnesses Speak about War, 1100–2000.[26] Bây giờ ông chuyên về lịch sử thế giới và các quá trình lịch sử vĩ mô.

Cuốn sách Sapiens: Lược sử loài người được xuất bản bằng tiếng Do Thái năm 2011 và sau đó bằng tiếng Anh năm 2014; kể từ đó nó đã được dịch sang khoảng 45 ngôn ngữ khác.[27] Cuốn sách khảo sát toàn bộ chiều dài lịch sử loài người, từ sự tiến hóa của Homo sapiens trong thời kỳ đồ đá cho đến các cuộc cách mạng chính trị và công nghệ của thế kỷ 21. Ấn bản tiếng Do Thái đã trở thành một cuốn sách bán chạy nhất ở Israel và tạo ra nhiều sự quan tâm cả trong cộng đồng học thuật và trong cộng đồng nói chung, biến Harari thành một người nổi tiếng.[28] Các video clip trên YouTube về các bài giảng tiếng Do Thái của Harari về lịch sử thế giới đã được xem bởi hàng chục ngàn người Israel.[29]

Harari cũng cung cấp một khóa học trực tuyến miễn phí bằng tiếng Anh có tên A Brief History of Humanank.